Auch die analytische Psychotherapie betrachtet aktuelle Probleme und Störungen als Ausdruck von Konflikten und Traumatisierungen, die in der frühen Kindheit erlebt und unzureichend verarbeitet wurden.
Im Gegensatz zur tiefenpsychologisch fundierten Psychotherapie wird jedoch nicht an einem relativ eng umgrenzten Konflikt, sondern an der psychischen Grundstruktur der Patienten gearbeitet. Dies setzt in der Regel eine mehrjährige Therapie voraus. Die Sitzungen finden zweimal pro Woche statt, zumeist im Liegen, um ein freieres Denken zu ermöglichen.
Entsprechend arbeitet die analytische Psychotherapie mit Assoziationen, Träumen und der Deutung von Reaktionen des Patienten oder des Patienten gegenüber der Psychotherapeutin und anderen Personen des sozialen Umfeldes. Durch das Befassen mit diesen verborgenen Anteilen und dem allmählichen Vordringen in die tieferen Schichten des Unbewussten können früher nicht ausreichend bewältigte Entwicklungsschritte nachgeholt werden (daher auch die längere Zeitdauer der Behandlung), aktuelle Gefühle und Verhaltensweisen können besser verstanden und auch verändert werden.